С самого начала Великой Отечественной войны музей, как и все государственные учреждения столицы, перешел на военное положение
Распоряжение по музею гласило: «В связи с введением военного положения по библиотеке-музею впредь до особого распоряжения с 22 июня установлены с 9 час. вечера до 9 час. утра ночные дежурства ответственных работников».
Основной задачей дежурных было недопущение возникновения пожара после бомбардировок города немецкой авиацией. В фондах музея хранятся осколки от шрапнельных снарядов, снятые с крыши музея.
Конечно, сразу же очень остро встал вопрос о сохранности музейной коллекции. Осенью 1941 года весь архив В. Маяковского был упакован и подготовлен к эвакуации.
В музее хранится доверенность от 18 декабря 1941 года, которая свидетельствует: «Государственный литературный музей доверяет своему сотруднику Гринштейну Василию Григорьевичу, назначенному ответственным хранителем музейных ценностей в гор. Молотове [нынешняя Пермь], принять на хранение со всей вытекающей из этого ответственностью 23 (двадцать три) ящика с музейными ценностями и книгами библиотеки-музея В.В. Маяковского». Интересно, что вместе с музейной коллекцией в этих ящиках были упакованы и некоторые личные коллекции друзей и соратников Маяковского (Бриков, А. Родченко и В. Степановой) и коллекционера и искусствоведа Н. Харджиева. Это были люди, тесно сотрудничавшие с музеем и имевшие ценные материалы, связанные с жизнью и творчеством Маяковского.
Так, вопрос об эвакуации с музейным архивом самых ценных предметов, оставшихся в семье Бриков, был решен еще 9 июля 1941 года. Акт, подписанный В.А. Катаняном, директором музея А.С. Езерской и заведующей отделом хранения И.А. Успенской фиксирует, что сотрудниками музея «принято от тт. Лили Юрьевны Брик, Осипа Максимовича Брика и Василия Абгаровича Катаняна для эвакуации из Москвы на время войны рукописи, документы, рисунки В.В. Маяковского (в том числе три рукописи поэмы «Про это» и рубашка В. Маяковского, в которой он умер…). Все эти вещи по окончании войны полностью подлежат возврату упомянутым выше трем лицам или одному из них». В документе были воспроизведены 2 печати, которыми были опечатаны вышеперечисленные вещи: одна музейная, а вторая – легендарная печать с кольца Маяковского с двумя большими буквами W.
Часть оставшихся музейных предметов для сохранности была закопана в землю на территории, прилегающей к музею. Это были кинопленки, записи голоса Маяковского, стекло (посуда из шкафа в столовой), два электрических чайника, настольные лампы, самовар, скульптура, мемориальная доска и другие вещи. В заведенном сотрудниками музея дневнике был начерчен план сада и указано точное местонахождение ящиков с мемориальными вещами. В первые месяцы войны стали делать художественную фиксацию мемориальных вещей поэта с указанием размеров, чтобы в случае утраты можно было их восстановить. На протяжении всех четырех лет войны сотрудники музея регулярно вели дневник, куда записывали все, что происходило за это время в музее.
Музейная работа продолжалась. Во время Великой Отечественной войны музей Маяковского ни на один день не прекращал своей работы с посетителями. Организовывались передвижные выставки, научные сотрудники читали лекции в госпиталях и фронтовых частях. Весь коллектив БММ принимал участие в сборе средств на постройку танковой колонны имени В. Маяковского (они перечислили свой однодневный заработок). В музей приходили письма бойцов с просьбой выслать книги со стихами В. Маяковского. Сегодня в рукописном фонде музея хранится много военных треугольников той поры.
Архивные документы оставили интересные свидетельства о военной судьбе лубянской комнаты В. Маяковского. Согласно акту, составленному 30 мая 1942 года и подписанному директором музея А.С. Езерской и инспектором-консультантом бюро по охране памятников революции, истории, культуры и искусства Наркомпроса РСФСР В.С. Зурабовым, было установлено, что «все личные и бытовые вещи этой комнаты перевезены в помещение библиотеки-музея по пер. Маяковского. В комнате осталась только (диван, стол-бюро, столики, стулья и кресло)… Ключ от комнаты с начала войны был передан соседям (гр. Татарийской), которая в середине октября поспешно эвакуировалась… В результате чего комнатой пользовались жильцы, вселенные в эту квартиру без ведома музея в течение двух-трех недель. В первых числах ноября комната была опечатана… В настоящее время квартира, в которой находится комната В.В. Маяковского, перенумерована в квартиру 25 вместо 12, как это было при жизни Маяковского».
Все оставшиеся в Москве и работавшие в музее во время войны сотрудники были награждены медалью «За оборону Москвы».
